一、背景

RNA-Seq实验设计中的“重复”包括：技术重复和生物学重复，重复是为了检测组间和组内的变异，对于假设检验至关重要。

• 技术重复为了估计测量技术（RNA-Seq）的变异。
• 生物学重复是为了发现生物组内的变异。简单的说，两组的基因表达的变化只有比组内变异还大时才能认为时显著的。

RNA-Seq试验中，抽样得到的raw read counts服从泊松分布。并且同一样本在两次试验中的结果不同，这称为shot noise。这种变异在RNA-Seq技术重复间成为Possion noise。生物学上不同的样本间的差异服从负二项(negative binomial)分布,有时称gamma-Poisson分布。由于RNA-Seq count数据也表现出zero inflation(大量值为0)的特征，所以很难拟合到负二项分布，所以有文章认为要用Poisson-Tweedie family建模。

打算备份设置的时候，next由于本身是一个git项目，上传上去作为了模块，然后变成了灰色。。。

嗯，原来问题是需要管理git仓库的子仓库

git add 的时候显示是酱婶的

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git init
git remote add origin git@github.com:BlingArida/myBlog-git.git
git add myBlog/
git commit -m "first commit"

#作为一个子模块上传，会变灰，删掉它，然后作为目录上传
git rm --cached myBlog/themes/next
git add myBlog/themes/next/
git commit -m "add commit"
git push origin master

假期真的是太闲了，鸽了好久的搭个人博客计划启动~~

还是用最简单的github homepage+Hexo搭一个凑合用吧。。。细节我就不详细写了，照着这个步骤就差不多了Footnote【1】

我是在自己的WSL上搭的，所以基本参考使用linux博主的过程就ok了

此处记录一些bug以及解决方法：

创建myname.github.io项目，配置ssh密钥，链接github

VScode Remote

今天抱着不想上班的心情迎来了高温假后的第一个工作日，吭哧吭哧本地装好了python2 发现没有我需要的包，我还只能在服务器上用那个只有linux和OS的软件。。。

折腾了一波 vscode的remote-ssh，妈蛋服务器端下载又不行

挂上了wget的代理

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$cat ~/.wgetrc
use_proxy=on
#check-certificate=off
http_proxy=http://127.0.0.1:9293
https_proxy=http://127.0.0.1:9293

关联jupyter notebook

如果你没有安装jupyter notebook，需要先安装。我推荐直接使用anaconda，上面自带jupyter notebook而且环境配置都帮你搞定了，自带python。

相当于最后R和python都可以用

首先我们打开R的命令行，如果不知道可以直接打开Rsudio，在坐下角的console里写如下命令：

建立ssh 服务

• 首先是卸载重装一遍ssh服务，自带ssh服务无法建立远程连接。

  1 2	sudo apt-get remove openssh-server sudo apt-get install openssh-server

• 编辑sshd_config文件，修改几处配置才能正常使用用户名/密码的方式连接

  1	sudo vi /etc/ssh/sshd_config

git clone一直出错，最初以为是代理问题，但对git一通代理设置之后并没有什么用

报错如下

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$git clone https://github.com/***.git
fatal: unable to access 'https://github.com/***.git/': SSL connect error
$ GIT_CURL_VERBOSE=1 git clone https://github.com/***.git
.....
* NSS error -12190
* Expire cleared
* Closing connection #0
fatal: unable to access 'https://github.com/***.git/': SSL connect error